Berbeda dengan sunat atau khitan pada laki-laki yang jelas mendatangkan manfaat, antara lain mencegah terjadinya infeksi dan kanker, khitan perempuan sama sekali tidak memiliki manfaat kesehatan; yang ada justru membahayakan dan dapat berisiko kematian.
Khitan perempuan menurut Organisasi Kesehatan Dunia WHO terbagi atas empat. Tipe 1, yaitu memotong seluruh bagian klitoris (bagian mirip penis pada tubuh pria). Tipe 2, memotong sebagian klitoris. Tipe 3, menjahit atau menyempitkan mulut vagina (infibulasi) dan, tipe 4, menindik, menggores jaringan sekitar lubang vagina, atau memasukkan sesuatu ke dalam vagina agar terjadi perdarahan dengan tujuan memperkencang atau mempersempit vagina.
Tingginya resiko kematian pada khitan perempuan membuat Pemerintah Indonesia secara tegas melarang khitan bagi perempuan karena melanggar UU Kekerasan terhadap Perempuan.
Dampak jangka pendek khitan pada perempuan:
1. Perdarahan yang mengakibatkan syok atau kematian
2. Infeksi pada seluruh organ panggul yang mengarah pada sepsis
3. Tetanus yang menyebabkan kematian
4. Gangrene yang dapat menyebabkan kematian
5. Sakit kepala yang luar biasa mengakibatkan syok
6. Retensi urin karena pembengkakan dan sumbatan pada urethra.
Dampak jangka panjang adalah :
1. Rasa sakit berkepanjangan pada saat berhubungan seks
2. Penis tidak dapat masuk dalam vagina sehingga memerlukan tindakan operasi
3. Disfungsi seksual (tidak dapat mencapai orgasme pada saat berhubungan seks)
4. Disfungsi haid yang mengakibatkan hematocolpos (akumulasi darah haid dalam vagina), hematometra (akumulasi darh haid dalam rahim), dan hematosalpinx (akumulasi darah haid dalam saluran tuba)
5. Infeksi saluran kemih kronis
6. Inkontinensi urin (tidak dapat menahan kencing)
7. Bisa terjadi abses, kista dermoid dan keloid (jaringan parut mengeras).